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Expedientes electrónicos: la Administración no puede alterar ni sustituir documentos de forma oculta
La digitalización de las Administraciones Públicas no reduce las garantías del ciudadano. Al contrario: cuando el expediente deja de estar formado por documentos en papel, su validez depende en gran medida de que pueda conocerse qué documentos lo integran, cuándo fueron incorporados, quién los firmó y si han sufrido alguna modificación.
Un expediente electrónico no es una simple carpeta de archivos PDF. Es el conjunto ordenado de documentos, actuaciones, metadatos, firmas e índices que permiten reconstruir fielmente la tramitación de un procedimiento administrativo.
Por ello, la Administración tributaria no puede sustituir silenciosamente un documento, alterar su contenido, omitir antecedentes relevantes ni completar el expediente fuera del momento legalmente previsto para corregir las deficiencias de la actuación impugnada.
La transformación digital desplaza así una parte importante de las garantías procedimentales hacia la trazabilidad de los datos.
¿Qué es un expediente administrativo electrónico?
El artículo 70 de la Ley 39/2015 define el expediente administrativo como el conjunto ordenado de documentos y actuaciones que sirven de antecedente y fundamento a una resolución, así como las diligencias encaminadas a ejecutarla.
El expediente electrónico debe formarse mediante la agregación ordenada de los documentos, pruebas, dictámenes, informes, acuerdos, notificaciones y demás actuaciones que lo integran.
Además, cuando deba remitirse a otro órgano o a un tribunal, tiene que ir acompañado de un índice numerado y autenticado. Este índice cumple una función esencial: garantizar la integridad e inmutabilidad del expediente desde el momento de su firma y permitir su recuperación siempre que sea necesario.
Por tanto, no basta con facilitar al contribuyente una colección desordenada de archivos. El expediente debe permitir conocer:
Qué documentos lo componen.
El orden en que se incorporaron.
La fecha de cada actuación.
El órgano que la realizó.
La firma o sello electrónico utilizado.
Las notificaciones efectuadas y sus evidencias.
Las modificaciones o accesos que se hayan producido.
La correspondencia entre el índice y los documentos remitidos.
Sin estas garantías resulta difícil determinar cuál es el verdadero contenido del expediente y si la resolución administrativa se dictó apoyándose en documentos que realmente existían en ese momento.
Autenticidad, integridad, conservación y trazabilidad
Los documentos administrativos electrónicos deben conservar su autenticidad, integridad y disponibilidad durante todo el tiempo en que puedan producir efectos.
Estos conceptos no son equivalentes.
Autenticidad
Permite comprobar quién creó o firmó el documento y verificar que procede del órgano administrativo al que se atribuye.
Integridad
Garantiza que el contenido del documento no ha sido alterado después de su firma o incorporación al expediente.
Conservación
Exige que el documento pueda ser recuperado y consultado durante el tiempo legalmente necesario, aunque cambien las aplicaciones o los formatos utilizados por la Administración.
Trazabilidad
Permite reconstruir la vida del documento: cuándo se generó, cuándo se incorporó, quién accedió a él, qué versión se utilizó y si posteriormente se produjo alguna modificación.
Esta trazabilidad puede apoyarse en firmas electrónicas, sellos de tiempo, metadatos, registros de acceso, códigos seguros de verificación y funciones criptográficas de resumen o huellas digitales.
La huella digital permite detectar si un archivo ha cambiado. Incluso una modificación mínima genera un resultado diferente, lo que facilita comprobar si el documento conservado coincide con el originalmente incorporado.
La Administración no puede reescribir el expediente
La Administración puede corregir errores materiales, incorporar actuaciones legalmente procedentes o completar un expediente cuando el órgano revisor o judicial lo requiera conforme a la ley.
Lo que no puede hacer es modificar de manera silenciosa el contenido histórico del procedimiento.
Serían especialmente problemáticas actuaciones como:
Sustituir una notificación por otra versión sin dejar constancia.
Cambiar la fecha o el contenido de una diligencia.
Incorporar retroactivamente un informe como si hubiera existido antes de dictarse la resolución.
Eliminar documentos desfavorables para la Administración.
Remitir al tribunal un expediente distinto del que pudo consultar el contribuyente.
Alterar el orden cronológico de las actuaciones.
Reemplazar un archivo firmado por otro que no conserva la misma huella digital.
Presentar en vía de recurso pruebas que debieron formar parte del expediente originario.
Si existe una rectificación legítima, debe conservarse el documento anterior, identificarse la nueva versión y dejarse constancia del motivo, la fecha y el órgano que acuerda la modificación.
Rectificar de forma transparente no es lo mismo que sustituir de manera oculta.
El expediente delimita la actuación que puede ser revisada
El expediente administrativo cumple una doble función.
Por una parte, contiene los antecedentes y fundamentos utilizados por la Administración para adoptar su decisión. Por otra, permite al ciudadano y a los tribunales controlar si esa decisión se ajusta a Derecho.
La Administración debe defender la legalidad del acto basándose, como regla general, en los elementos que constaban en el procedimiento cuando fue dictado. No puede reconstruir posteriormente el expediente para proporcionar al acto una justificación que no tenía en su origen.
Permitirlo desequilibraría el procedimiento. El contribuyente impugna el acto en función de los antecedentes que conoce, mientras que la Administración dispondría de una segunda oportunidad para añadir los documentos que necesita después de leer sus alegaciones.
El expediente no puede convertirse en una realidad cambiante cuyo contenido dependa del momento en que se consulte.
El Tribunal Supremo rechaza los complementos extemporáneos
El Tribunal Supremo ha elaborado una doctrina especialmente relevante sobre la remisión incompleta de expedientes en las reclamaciones económico-administrativas.
Entre otras, pueden citarse las sentencias:
STS 1350/2023, de 27 de octubre.
STS 1377/2023, de 2 de noviembre.
STS 1473/2023, de 17 de noviembre.
STS 1561/2023, de 24 de noviembre.
STS 928/2025, de 8 de julio.
Estas resoluciones no se refieren necesariamente a una manipulación informática material de los archivos. Su importancia está en que impiden a la Administración reconstruir o completar libremente un expediente después de haber dejado transcurrir el momento previsto para su remisión.
La Administración no dispone de una segunda oportunidad
En la STS 1350/2023, de 27 de octubre, el Tribunal Supremo analizó la remisión espontánea de documentación complementaria al tribunal económico-administrativo después de que el interesado hubiera alegado que en el expediente no constaban actuaciones capaces de interrumpir la prescripción.
La Administración pretendía aportar posteriormente los documentos que faltaban.
El Tribunal Supremo rechazó esta posibilidad. Admitir una remisión indiscriminada de complementos por iniciativa del órgano que dictó el acto permitiría alterar el desarrollo de la reclamación como respuesta a las alegaciones del contribuyente.
En otras palabras, la Administración no puede esperar a conocer la estrategia de defensa para completar después las pruebas que debió remitir inicialmente.
La posterior concesión de un trámite de alegaciones al contribuyente no elimina necesariamente el desequilibrio producido. El problema no consiste únicamente en poder responder al nuevo documento, sino en que la Administración ha dispuesto de una oportunidad adicional para subsanar las carencias probatorias del expediente.
El plazo para remitir el expediente tiene carácter preclusivo
La doctrina del Tribunal Supremo considera que el órgano autor del acto tiene la obligación de remitir el expediente completo dentro del plazo legalmente establecido.
El carácter preclusivo del plazo significa que, una vez vencido, la Administración no puede aportar voluntariamente y sin requerimiento aquellos documentos que debieron integrar el expediente desde el principio.
No se trata de una exigencia puramente formal. La remisión completa y puntual garantiza:
La igualdad entre las partes.
El conocimiento íntegro de los antecedentes.
La posibilidad de formular alegaciones informadas.
La neutralidad del órgano económico-administrativo.
La prohibición de que la Administración adapte posteriormente el expediente a la defensa del contribuyente.
La STS 1377/2023, de 2 de noviembre, y la STS 1561/2023, de 24 de noviembre, reiteran esta línea jurisprudencial.
Tampoco puede utilizarse el recurso de alzada para aportar lo que faltaba
La STS 1473/2023, de 17 de noviembre, rechazó que la Administración autora del acto utilizara un recurso de alzada ordinario para introducir documentos que debieron formar parte del expediente remitido inicialmente.
La doctrina establecida puede resumirse así: la Administración autora del acto impugnado no puede aportar como prueba, al interponer el recurso de alzada económico-administrativo, documentos que debieron integrar el expediente y no fueron remitidos en el momento procedimental oportuno.
La Administración no se encuentra en la misma posición que un interesado ajeno al procedimiento. Es el órgano que dictó el acto y tenía bajo su control los documentos que debían formar parte del expediente.
Por eso, no puede invocar posteriormente su propia omisión para introducir las pruebas que le faltaban.
La STS 928/2025 confirma esta doctrina
La STS 928/2025, de 8 de julio, vuelve a examinar las consecuencias de un expediente incompleto.
En el supuesto analizado, la Administración tributaria no había incorporado oportunamente documentación relevante para acreditar la correcta inclusión del contribuyente en el sistema de notificaciones electrónicas.
La ausencia de estos antecedentes afectaba directamente a la posibilidad de comprobar si las notificaciones habían sido válidas y, por tanto, a la defensa del obligado tributario.
El Tribunal Supremo reitera que la Administración no puede aprovechar el posterior proceso contencioso-administrativo para introducir documentos que debieron integrar el expediente remitido al órgano económico-administrativo.
Cuando la omisión impide al contribuyente conocer completamente la actuación administrativa o discutir su regularidad, puede producirse una vulneración material de su derecho de defensa.
¿Puede un tribunal ordenar que se complete el expediente?
Sí. Debe diferenciarse entre dos situaciones.
La primera es la aportación espontánea de documentación por el órgano que dictó el acto, normalmente después de conocer las alegaciones del contribuyente. Esta actuación puede resultar improcedente cuando pretende subsanar una omisión propia o reforzar a posteriori la motivación y la prueba del acto impugnado.
La segunda es el requerimiento efectuado por el órgano económico-administrativo o por el tribunal para que se remita un expediente que ya existía pero llegó incompleto.
El artículo 55 de la Ley reguladora de la Jurisdicción Contencioso-Administrativa permite a las partes solicitar que se complete el expediente cuando consideren que no está íntegro. El órgano judicial también puede reclamar los antecedentes que falten.
Pero esta posibilidad no autoriza a crear documentos nuevos ni a reconstruir retrospectivamente la justificación del acto. Completar el expediente significa incorporar actuaciones que realmente se produjeron y que deberían haber sido remitidas, no fabricar una fundamentación posterior.
La diferencia se encuentra en el origen, el momento y la finalidad de la incorporación:
Incorporación admisible | Reconstrucción improcedente |
Documento preexistente omitido en la remisión | Documento creado después de la resolución |
Requerido por el órgano revisor o judicial | Aportado espontáneamente tras conocer la defensa |
Conserva fecha, firma y metadatos originales | Se presenta sin trazabilidad suficiente |
Completa una remisión materialmente defectuosa | Intenta subsanar la falta de prueba o motivación |
Se traslada al interesado para contradicción | Se incorpora de manera silenciosa |
La STS 1763/2024 y los informes internos de la AEAT
La STS 1763/2024, de 4 de noviembre, aborda una cuestión diferente, aunque relacionada con la calidad y contradicción de la prueba administrativa.
El asunto se refería a la deducción por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica y al valor de un informe motivado vinculante emitido por el órgano competente.
La AEAT pretendía cuestionar la calificación contenida en ese informe mediante valoraciones efectuadas por su propio Equipo de Apoyo Informático.
El Tribunal Supremo declaró que la Administración tributaria no podía desvirtuar el valor vinculante del informe por medio de un documento elaborado internamente por funcionarios de la AEAT que no había sido presentado como prueba pericial ni sometido a la debida contradicción procesal.
Un documento interno no adquiere naturaleza pericial por contener apreciaciones técnicas. Para que pueda operar como prueba pericial debe incorporarse como tal, identificarse su autor, exponerse su metodología y permitirse a la parte contraria discutir sus conclusiones.
Esta sentencia no resuelve directamente un supuesto de alteración informática del expediente, pero refuerza una idea fundamental: la Administración no puede utilizar documentos internos, ajenos a una verdadera prueba contradictoria, para neutralizar una evidencia vinculante o corregir las debilidades de su posición procesal.
El expediente equivocado también puede vulnerar la tutela judicial efectiva
La entrega de un expediente que no corresponde al acto impugnado puede producir una desviación del objeto procesal.
Si el órgano judicial resuelve basándose en antecedentes pertenecientes a otro procedimiento, o mantiene la tramitación a pesar de que la parte ha denunciado el error, el interesado puede quedar privado de una defensa efectiva.
En estos casos no basta con afirmar que existe formalmente un expediente. Es necesario que el expediente remitido sea precisamente el correspondiente al acto recurrido.
Cuando la confusión impide conocer los antecedentes reales o conduce al tribunal a enjuiciar una actuación diferente, puede resultar necesaria la retroacción de las actuaciones para restablecer el derecho a la tutela judicial efectiva.
¿Qué sucede si faltan documentos esenciales?
No toda omisión produce automáticamente la nulidad del procedimiento. Es necesario valorar la importancia del documento que falta y la indefensión efectivamente ocasionada.
La consecuencia será especialmente grave cuando la omisión impida comprobar:
La competencia del órgano.
La existencia y contenido de una notificación.
El inicio o la interrupción de la prescripción.
La prueba en la que se apoya una liquidación o sanción.
La motivación real del acto.
La audiencia concedida al interesado.
El origen de los datos utilizados.
La fecha en que se practicó una actuación.
El cumplimiento de los plazos del procedimiento.
Si el expediente no contiene la prueba de un hecho cuya acreditación corresponde a la Administración, la consecuencia no debería ser permitirle reconstruirlo posteriormente, sino resolver conforme a la falta de prueba existente.
¿Cómo puede detectar el contribuyente una posible alteración?
Cuando existan dudas sobre la integridad del expediente, conviene solicitar una copia electrónica completa, no limitarse a descargar documentos individualmente desde la sede electrónica.
Deben revisarse, entre otros elementos:
El índice electrónico firmado.
La numeración y orden cronológico de los documentos.
Las fechas de creación e incorporación.
Las firmas electrónicas y sus certificados.
Los sellos de tiempo.
Los códigos seguros de verificación.
Los metadatos disponibles.
La existencia de documentos duplicados con contenidos diferentes.
Los justificantes de notificación.
Las referencias a anexos o informes que no aparecen.
La coincidencia entre el expediente consultado y el remitido al tribunal.
Las huellas digitales de los archivos cuando estén disponibles.
También es importante conservar la primera copia descargada. Si posteriormente aparece una versión diferente, la comparación de ambos archivos puede permitir acreditar la modificación.
En asuntos relevantes puede resultar conveniente levantar acta notarial, obtener una certificación administrativa o encargar un informe pericial informático que compare firmas, metadatos y huellas digitales.
¿Qué puede hacer el contribuyente ante un expediente incompleto o alterado?
Dependiendo de la fase del procedimiento, el interesado puede:
Solicitar acceso y copia íntegra del expediente electrónico.
Pedir que se identifique el índice electrónico y su firma.
Denunciar expresamente los documentos ausentes, sustituidos o modificados.
Solicitar los metadatos y evidencias técnicas necesarias para comprobar su autenticidad.
Oponerse a la incorporación extemporánea de documentos que debieron formar parte del expediente.
Solicitar al tribunal económico-administrativo o al órgano judicial que reclame el expediente completo.
Pedir que no se valore una prueba incorporada sin posibilidad real de contradicción.
Alegar indefensión cuando la omisión haya impedido conocer o combatir los fundamentos del acto.
Solicitar la anulación o, cuando proceda, la retroacción de las actuaciones.
Aportar una prueba pericial informática si existen indicios de manipulación material de archivos, firmas o metadatos.
Conviene formular estas objeciones tan pronto como se detecte la irregularidad, identificando con precisión qué documento falta, cuál ha cambiado y cómo afecta esa circunstancia a la defensa.
Ejemplo práctico
La Agencia Tributaria notifica una derivación de responsabilidad y el contribuyente alega que ha prescrito el derecho de cobro porque en el expediente no consta ninguna actuación interruptiva respecto del deudor principal.
Después de recibir las alegaciones, el órgano de recaudación remite al tribunal económico-administrativo varias diligencias antiguas que no figuraban en el expediente original y que pretende utilizar para demostrar la interrupción de la prescripción.
La Administración no puede disponer libremente de esa segunda oportunidad.
Si esos documentos debían formar parte del expediente remitido y fueron aportados espontáneamente una vez conocida la defensa del contribuyente, su incorporación puede vulnerar las reglas del procedimiento y el equilibrio entre las partes.
Distinto sería que los documentos hubieran formado parte del expediente original, pero se hubiera producido un error material al exportarlo, y el tribunal económico-administrativo requiriese formalmente su remisión. Incluso en ese supuesto tendría que acreditarse su preexistencia, conservarse su trazabilidad y concederse al contribuyente la posibilidad de examinarlos y formular alegaciones.
La digitalización debe reforzar las garantías, no ocultar las irregularidades
El expediente electrónico proporciona herramientas que no existían en el procedimiento en papel.
Las firmas electrónicas, los sellos de tiempo, los registros de acceso y las huellas digitales permiten saber con mucha mayor precisión cuándo se creó un documento y si ha sido modificado.
Pero esas herramientas solo cumplen su función si la Administración conserva y facilita la información necesaria para verificar el procedimiento.
La digitalización no puede utilizarse para convertir el expediente en una realidad opaca, mutable o reconstruible. Tampoco puede servir para introducir documentos después de conocer los argumentos del contribuyente o para sustituir una prueba sometida a contradicción por una valoración interna elaborada por la propia Administración.
El expediente debe ser completo, ordenado, auténtico y trazable. Si la Administración quiere rectificarlo o completarlo legítimamente, debe hacerlo de forma expresa, identificando la actuación realizada y preservando las versiones anteriores.
La conclusión es clara: el expediente electrónico no pertenece al órgano administrativo como si fuera un archivo interno susceptible de modificación. Es una garantía del ciudadano y constituye la base sobre la que debe ejercerse el control económico-administrativo y judicial.
La Administración puede defender sus actos, pero no reescribir su historia.
Normativa y jurisprudencia de referencia: artículos 26, 27, 46, 53 y 70 de la Ley 39/2015, del Procedimiento Administrativo Común; artículos 48 y 55 de la Ley 29/1998, reguladora de la Jurisdicción Contencioso-Administrativa; Real Decreto 203/2021; Esquema Nacional de Interoperabilidad; SSTS 1350/2023, 1377/2023, 1473/2023, 1561/2023, 1763/2024 y 928/2025
