¿Puede Hacienda comprobar saldos de IVA o IGIC generados en periodos prescritos?

La prescripción de un periodo tributario impide a la Administración practicar una nueva liquidación respecto de él. Sin embargo, no convierte necesariamente en intocables todos los saldos, créditos fiscales o deducciones que nacieron en ese periodo y continúan produciendo efectos en ejercicios posteriores.

El Tribunal Supremo ha confirmado que Hacienda puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en periodos respecto de los cuales ya haya prescrito el derecho a liquidar cuando esos saldos se aplican en periodos posteriores todavía no prescritos.

Así lo establece la sentencia 988/2026, de 23 de julio —recurso de casación 5852/2023—, que interpreta los artículos 66 bis y 115 de la Ley General Tributaria tras la reforma introducida por la Ley 34/2015.

La clave se encuentra en distinguir dos facultades diferentes:

• El derecho a liquidar el periodo en el que se originó el saldo.

• El derecho a comprobar ese saldo cuando se utiliza para reducir la tributación de un periodo posterior.

El primer derecho puede haber prescrito. El segundo puede continuar vigente.

El origen del caso

El litigio afectaba a Anuda Gestión, S.L. y tenía su origen en unas actuaciones inspectoras relativas al IVA de los periodos comprendidos entre 2015 y 2018.

La Inspección superó el plazo máximo de duración de las actuaciones, lo que determinó que prescribiera el derecho de Hacienda a liquidar los tres primeros trimestres de 2015.

Esto significaba que la Administración ya no podía modificar las liquidaciones correspondientes al primer, segundo y tercer trimestre de aquel año.

Sin embargo, los saldos de IVA generados durante esos periodos se habían trasladado al cuarto trimestre de 2015 y continuaban produciendo efectos en periodos posteriores que todavía no habían prescrito.

La Administración decidió comprobar la realidad y cuantía de esos saldos para determinar correctamente el IVA correspondiente al cuarto trimestre de 2015 y a los periodos siguientes.

La sociedad se opuso.

La postura del contribuyente

La entidad sostenía que, una vez prescrito el derecho a liquidar los tres primeros trimestres de 2015, la Administración ya no podía volver a examinar las operaciones que habían originado los saldos de IVA.

A su juicio, Hacienda únicamente podía comprobar que el importe declarado se hubiera trasladado correctamente de una autoliquidación a la siguiente.

Por ejemplo, si en el primer trimestre se había declarado un saldo a compensar de 40.000 euros, Hacienda podría comprobar que en el segundo trimestre se arrastraron esos mismos 40.000 euros, pero no revisar nuevamente:

• Las facturas que originaron las cuotas soportadas.

• La afectación de los bienes o servicios a la actividad.

• El cumplimiento de los requisitos para deducir.

• La correcta aplicación de las reglas de prorrata.

• La realidad de las operaciones.

• La cuantía material del crédito fiscal.

La tesis de la empresa era que permitir esa revisión equivaldría a reabrir indirectamente un periodo prescrito.

La respuesta del Tribunal Supremo

El Tribunal Supremo rechaza esta interpretación y confirma la posibilidad de comprobar el saldo.

La prescripción del derecho a liquidar un periodo no significa que cualquier elemento nacido en él quede definitivamente consolidado cuando continúa proyectando efectos sobre una obligación tributaria posterior.

Si el saldo se utiliza para reducir la deuda de un periodo no prescrito, la Administración puede comprobar si ese crédito fiscal:

• Existía realmente.

• Se calculó correctamente.

• Cumplía los requisitos legales.

• Se trasladó por el importe adecuado.

• No había sido compensado o devuelto anteriormente.

• Continúa pendiente de aplicación.

La comprobación del saldo histórico no tiene como finalidad liquidar nuevamente el periodo de origen, sino determinar correctamente la deuda del periodo posterior en el que se utiliza.

Comprobar no equivale a liquidar

Esta es la distinción fundamental de la sentencia.

Liquidar un periodo prescrito

Supongamos que en el primer trimestre de 2015 una empresa declaró:

• IVA devengado: 20.000 euros.

• IVA soportado deducible: 50.000 euros.

• Resultado: 30.000 euros a compensar.

Si ese trimestre ha prescrito, Hacienda ya no puede practicar una liquidación del primer trimestre para exigir una deuda correspondiente a ese mismo periodo.

Tampoco puede utilizar la comprobación como una excusa para reabrir formalmente la autoliquidación prescrita.

Comprobar el saldo en un periodo posterior

Ahora imaginemos que los 30.000 euros se trasladan hasta el cuarto trimestre de 2015 y se utilizan para reducir el resultado de esa autoliquidación.

Si el cuarto trimestre todavía no ha prescrito, Hacienda puede comprobar si aquellos 30.000 euros existían realmente.

Si descubre que 10.000 euros procedían de facturas inexistentes o de cuotas no deducibles, podrá reducir el saldo aplicado en el cuarto trimestre y regularizar este último periodo.

No estará liquidando nuevamente el primer trimestre. Estará corrigiendo la deuda del cuarto trimestre, que continúa abierta, porque en ella se utilizó un crédito fiscal cuya realidad no ha sido acreditada.

Dos plazos de prescripción diferentes

La Ley General Tributaria establece dos plazos que no deben confundirse.

El plazo general de cuatro años

El artículo 66.a) de la LGT dispone que prescribe a los cuatro años el derecho de la Administración para determinar una deuda tributaria mediante la correspondiente liquidación.

Este plazo afecta a la posibilidad de liquidar un ejercicio o periodo concreto.

Una vez prescrito, Hacienda ya no puede practicar una liquidación que modifique directamente su resultado.

El plazo especial de diez años

El artículo 66 bis.2 establece un plazo de diez años para que la Administración inicie la comprobación de:

• Bases imponibles compensadas o pendientes de compensación.

• Cuotas compensadas o pendientes de compensación.

• Deducciones aplicadas o pendientes de aplicación.

El plazo comienza el día siguiente a aquel en que finaliza el plazo reglamentario para presentar la declaración o autoliquidación del periodo en el que se generó el derecho.

La STS 988/2026 considera que los saldos de IVA pendientes de compensación se encuentran incluidos en este régimen especial.

Por tanto, podemos encontrarnos con un periodo cuyo derecho a liquidar haya prescrito a los cuatro años, pero cuyos créditos fiscales todavía puedan ser comprobados durante el plazo especial de diez años.

¿Un saldo de IVA es realmente una “cuota pendiente de compensación”?

La empresa recurrente planteó un argumento técnico.

El artículo 66 bis de la LGT se refiere a bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación. Sin embargo, en el IVA no se compensa propiamente una cuota tributaria negativa, sino el saldo resultante de restar las cuotas soportadas deducibles de las cuotas devengadas.

Cuando las cuotas soportadas superan a las devengadas, se genera un exceso que puede trasladarse a autoliquidaciones posteriores.

La entidad defendía que ese saldo no encajaba literalmente en la expresión “cuotas pendientes de compensación” utilizada por la LGT y que, por tanto, no podía aplicársele el plazo especial de diez años.

El Supremo rechaza una interpretación exclusivamente terminológica.

Lo relevante no es el nombre utilizado, sino su función económica y tributaria. El saldo pendiente de compensación constituye un verdadero crédito fiscal que el contribuyente pretende utilizar para reducir una obligación futura.

Desde esa perspectiva funcional, presenta la misma naturaleza que las bases, cuotas y deducciones expresamente mencionadas por el artículo 66 bis.

El saldo declarado no queda automáticamente consolidado

La presentación de una autoliquidación con resultado a compensar no implica que Hacienda haya aceptado o comprobado ese saldo.

Una autoliquidación presentada por el contribuyente produce efectos, pero no equivale a un acto administrativo de reconocimiento definitivo del crédito.

Por tanto, el mero transcurso de cuatro años desde la autoliquidación de origen no convierte automáticamente en correcto el saldo declarado si este continúa utilizándose posteriormente.

La Administración podrá comprobar, dentro de los límites legales:

• La realidad de las operaciones.

• La recepción de los bienes o servicios.

• La existencia de facturas válidas.

• La contabilización de las cuotas.

• La afectación a la actividad económica.

• La ausencia de prohibiciones o limitaciones a la deducción.

• La correcta aplicación de la prorrata.

• La trazabilidad del saldo entre periodos.

• Las devoluciones o compensaciones previamente efectuadas.

Un crédito fiscal no se consolida solo porque haya sido arrastrado durante varios años. Su solidez dependerá de la documentación que permita acreditar su origen y cuantía.

La comprobación debe realizarse dentro de un procedimiento abierto

La Administración no dispone de una facultad abstracta e ilimitada para revisar periodos antiguos sin conexión con una obligación vigente.

El artículo 66 bis.2 exige que la comprobación y, en su caso, la corrección de los créditos fiscales se realice dentro de un procedimiento relativo a obligaciones y periodos cuyo derecho a liquidar no haya prescrito.

Además:

• En una inspección de alcance general sobre un periodo no prescrito se entiende incluida la comprobación de la totalidad de los saldos pendientes cuyo derecho a comprobar siga vigente.

• Si el procedimiento no tiene alcance general, deberá identificarse expresamente la inclusión de los créditos fiscales y los periodos en los que se generaron.

• La Administración debe respetar el plazo especial de diez años.

• La eventual liquidación solo podrá proyectarse sobre el periodo no prescrito objeto del procedimiento.

No basta con que Hacienda tenga curiosidad sobre una autoliquidación antigua. El saldo debe mantener una incidencia real en una obligación que todavía pueda ser regularizada.

¿Qué sucede después de los diez años?

Transcurrido el plazo de diez años, prescribe el derecho de la Administración para iniciar una comprobación material del crédito fiscal en los términos del artículo 66 bis.2.

No obstante, el apartado 3 del mismo artículo mantiene la obligación del contribuyente de aportar, cuando el saldo se aplique en un periodo posterior:

• La liquidación o autoliquidación en la que se generó.

• La contabilidad correspondiente.

Esto permite verificar la existencia formal, declaración y trazabilidad del saldo, aunque haya vencido el plazo para desarrollar una comprobación plena de su procedencia material.

Por tanto, superar los diez años no significa que el contribuyente pueda consignar cualquier cantidad sin justificación. Deberá seguir acreditando que el saldo existía, que fue declarado y que continúa pendiente de utilización.

Un tercer plazo: el derecho del contribuyente a compensar

Junto a los plazos de cuatro y diez años anteriores existe otro plazo que cumple una función diferente.

En el IVA, el contribuyente dispone, con carácter general, de cuatro años para ejercitar el derecho a compensar el exceso de cuotas soportadas sobre las devengadas.

Este plazo no regula las facultades de Hacienda, sino el ejercicio del derecho por parte del contribuyente.

Por tanto, deben distinguirse tres cuestiones:

Plazo	Finalidad
Cuatro años del artículo 66 LGT	Derecho de Hacienda a liquidar un periodo
Diez años del artículo 66 bis LGT	Derecho de Hacienda a comprobar determinados créditos fiscales
Cuatro años de la normativa del IVA	Derecho del contribuyente a ejercitar la compensación

Confundir estos plazos puede conducir a conclusiones equivocadas.

Que el contribuyente todavía pueda compensar no significa que Hacienda ya no pueda comprobar. Y que haya prescrito el periodo de origen tampoco implica que el saldo sea automáticamente válido.

Ejemplo práctico: saldo correctamente acreditado

Una empresa realiza una inversión importante en maquinaria durante 2022.

Como consecuencia, soporta 70.000 euros de IVA y genera un saldo pendiente de compensación de 55.000 euros. La empresa conserva:

• Las facturas completas.

• Los justificantes bancarios del pago.

• Los contratos de adquisición.

• La inscripción de la maquinaria en el inmovilizado.

• Los libros registro de IVA.

• La documentación sobre su utilización en la actividad.

En 2027 utiliza parte del saldo para compensar el IVA devengado del ejercicio.

Aunque el derecho a liquidar alguno de los periodos de 2022 pudiera haber prescrito, Hacienda podrá comprobar el crédito fiscal cuando se aplique en 2027. Si la empresa conserva una trazabilidad adecuada, podrá acreditar su procedencia.

Ejemplo práctico: factura que no permite deducir

Una sociedad declara en 2018 un saldo de IVA a compensar de 40.000 euros. En 2023 aplica 25.000 euros de ese saldo.

Durante una inspección del ejercicio 2023, Hacienda comprueba que 12.000 euros del crédito procedían de gastos particulares del socio y que los bienes no estaban afectos a la actividad empresarial.

Aunque el periodo de 2018 ya no pueda liquidarse, la Administración podrá reducir el saldo utilizado en 2023 y determinar la deuda correcta de este último ejercicio.

La liquidación se referirá a 2023, no a 2018.

Ejemplo práctico: simple error de arrastre

Una empresa terminó el cuarto trimestre de 2021 con un saldo a compensar de 18.000 euros, pero en la primera autoliquidación de 2022 trasladó por error 28.000 euros.

En este caso, Hacienda no necesita revisar la deducibilidad de las facturas originales. Bastará con comprobar la secuencia de las autoliquidaciones para detectar un exceso de 10.000 euros.

La existencia de periodos prescritos no protege un error aritmético o de arrastre aplicado en otro periodo todavía abierto.

¿Puede imponerse una sanción?

La comprobación de un saldo histórico puede dar lugar a una liquidación en el periodo no prescrito en el que se utilizó indebidamente.

Sin embargo, la liquidación no determina automáticamente la existencia de una sanción.

Para sancionar, la Administración deberá acreditar separadamente:

• La conducta infractora.

• La culpabilidad del contribuyente.

• La inexistencia de una interpretación razonable de la norma.

• La correcta motivación de la sanción.

La ausencia de una factura, la utilización duplicada de un saldo o un error consciente pueden tener consecuencias distintas de una controversia jurídica razonable sobre la deducibilidad de una operación.

Los automatismos sancionadores no son admisibles.

¿Es aplicable esta doctrina al IGIC?

La STS 988/2026 resuelve expresamente un supuesto de IVA. No se pronuncia de forma directa sobre el Impuesto General Indirecto Canario.

No obstante, la doctrina resulta, en principio, trasladable al IGIC por varias razones:

• Los artículos 66 bis y 115 de la Ley General Tributaria son aplicables a las actuaciones de la Administración tributaria canaria.

• El IGIC también permite trasladar a periodos posteriores el exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.

• El saldo pendiente de compensación cumple la misma función económica: constituye un crédito fiscal que reduce la deuda de periodos futuros.

• La comprobación no tendría por objeto liquidar el periodo prescrito, sino determinar correctamente un periodo posterior todavía abierto.

Por tanto, si un empresario o profesional utiliza en un modelo 420 un saldo de IGIC generado en periodos anteriores, la Agencia Tributaria Canaria podrá previsiblemente comprobar su realidad y cuantía dentro del plazo previsto en el artículo 66 bis.

Conviene, sin embargo, formular esta conclusión correctamente: el Tribunal Supremo ha fijado doctrina sobre el IVA y su aplicación al IGIC se sostiene por la identidad funcional del saldo y por la aplicación de la LGT, no porque la sentencia haya analizado expresamente el impuesto canario.

Ejemplo práctico en el IGIC

Una empresa canaria acomete en 2020 la reforma integral de un local y declara 35.000 euros de IGIC soportado deducible, generando un saldo a compensar.

Durante los años siguientes arrastra ese importe en sus modelos 420. En 2026 utiliza 20.000 euros para reducir el resultado positivo de varias autoliquidaciones.

En una comprobación de 2026, la Agencia Tributaria Canaria podría solicitar:

• Las facturas de la reforma.

• Los contratos y certificaciones de obra.

• Los justificantes de pago.

• Los libros registro de IGIC.

• La contabilización del inmovilizado.

• La prueba de afectación del inmueble a la actividad.

• La secuencia completa de los saldos declarados.

Aunque ya no pudiera liquidar directamente los periodos de 2020, sí podría corregir el IGIC de 2026 si se demostrase que el crédito aplicado no existía o tenía una cuantía inferior.

¿Qué documentación debe conservarse?

La sentencia refuerza la necesidad de conservar los documentos que justifican los créditos fiscales mientras sigan produciendo efectos.

No debería destruirse la documentación por el simple hecho de que hayan transcurrido cuatro años desde la autoliquidación de origen.

Mientras exista un saldo pendiente de compensación conviene conservar:

• Facturas recibidas.

• Libros registro de IVA o IGIC.

• Justificantes de pago.

• Contratos, pedidos y albaranes.

• Documentación aduanera.

• Declaraciones y autoliquidaciones presentadas.

• Mayores contables.

• Cuadros de conciliación de saldos.

• Documentación sobre la afectación a la actividad.

• Pruebas de la realidad de las operaciones.

• Expedientes de devolución o compensación anteriores.

En procesos de fusión, escisión, adquisición de empresas, cambio de asesoría o migración de programas contables debe prestarse especial atención a estos antecedentes. Un saldo puede mantenerse visible en la contabilidad, pero perder toda posibilidad de defensa si desaparecen las facturas y justificantes que lo originaron.

Sectores especialmente afectados

La doctrina tiene especial relevancia para actividades que acumulan durante largos periodos saldos a compensar:

• Empresas de nueva creación.

• Promotoras y sociedades inmobiliarias.

• Entidades que realizan grandes inversiones.

• Empresas exportadoras.

• Actividades con operaciones exentas que generan derecho a deducción.

• Negocios estacionales.

• Empresas acogidas al régimen de devolución mensual.

• Sociedades inmersas en procesos de reestructuración.

• Empresas canarias con elevados saldos de IGIC soportado.

En estas situaciones, el crédito fiscal debe tratarse como un activo que requiere soporte documental y conciliación periódica.

Prescripción no significa intangibilidad

La STS 988/2026 no permite a Hacienda liquidar nuevamente un periodo prescrito.

Lo que permite es comprobar un crédito fiscal nacido en ese periodo cuando el propio contribuyente decide proyectarlo sobre otro posterior para reducir su deuda tributaria.

La diferencia es fundamental:

• El periodo prescrito permanece cerrado.

• El saldo que sigue utilizándose puede ser comprobado.

• La corrección solo puede producir efectos liquidatorios sobre periodos no prescritos.

• La Administración debe respetar el plazo de diez años y el alcance del procedimiento.

• El contribuyente mantiene la obligación de acreditar la procedencia y trazabilidad del crédito.

La prescripción protege frente a la liquidación tardía de un periodo, pero no convierte un saldo pendiente de compensación en una cantidad definitivamente reconocida por Hacienda.

En el IVA y, previsiblemente, también en el IGIC, un crédito fiscal será tan sólido como la documentación que permita demostrarlo.

Referencia principal: Tribunal Supremo, sentencia 988/2026, de 23 de julio, recurso de casación 5852/2023, con ponencia de Rafael Toledano Cantero. Normativa relacionada: artículos 66, 66 bis y 115 de la Ley 58/2003, General Tributaria; artículo 99 de la Ley del IVA y artículo 33 de la Ley 20/1991, reguladora del IGIC.